Hệ thống rạn san hô ở các bãi cạn Frigate Pháp bao gồm 41 loài san hô cứng, bao gồm vài loài không thể tìm thấy ở các đảo chính trong quần đảo Hawaii. Ngoài ra còn có hơn 600 loài động vật không xương sống biển - trong đó có nhiều loài đặc hữu - sinh sống tại đây.

Hơn 150 loài tảo sống giữa các rạn san hô, và khu vực sát cạnh đỉnh nhọn La Perouse có những khu hệ tảo biển đặc biệt đa dạng. Điều này dẫn người ta đến một suy đoán rằng dòng chảy vào mang theo chất dinh dưỡng bổ sung - dưới dạng phân chim - là nhân tố góp phần tạo nên sự đa dạng sinh học và năng suất sinh học của tảo trong môi trường này. Vùng nước tại các rạn san hô là ngôi nhà cho rất nhiều loài cá. Loài cá đặc hữu của Hawaii là Genicanthus personatus cũng tương đối phổ biến tại đây. Phần lớn đồi mồi dứa của Hawaii tìm đến đây làm tổ. Các hòn đảo nhỏ trong các bãi cạn Frigate Pháp là nơi trú ẩn cho cộng đồng hải cẩu thầy tu Hawaii lớn nhất còn sống sót.

Các đảo tại đây cũng là các sân chim quan trọng của chim biển. 18 loài chim biển - trong đó có Phoebastria nigripes, Phoebastria immutabilis, Pterodroma hypoleuca, Bulweria bulwerii, Puffinus pacificus, Puffinus nativitatis, Oceanodroma tristrami, Onychoprion lunatus, Procelsterna cerulea, Anous stolidus, Anous minutus, Phaethon rubricauda, Sula dactylatra, Sula sula, Sula leucogaster, Fregata minor, Onychoprion fuscatus và Gygis alba - làm tổ tại nơi đây, hầu hết (16) là trên đảo Tern. Hai loài còn lại là Procelsterna cerulea và Anous minutus chỉ làm tổ trên đỉnh nhọn La Perouse. Hòn đảo cũng là nơi trú đông của vài loài chim lội.

Trong chuyến nghiên cứu vào tháng 10 năm 2006 của Cơ quan Quản trị Khí quyển và Đại dương Quốc gia Hoa Kỳ (NOAA), các nhà khoa học đã xác định thêm 100 loài chưa bao giờ thấy ở vùng này, trong đó có nhiều loài hoàn toàn mới.[6]